Obraz Matki Bożej Bolesnej w krakowskim kościele oo. Franciszkanów od ponad pięciuset lat otoczony jest czcią i kultem wiernych. Wiąże się z nim tradycja ułaskawiania skazanych na śmierć złoczyńców.

Kaplica Matki Bożej Bolesnej, zajmująca część krużganków klasztoru oo. Franciszkanów, została wzniesiona w pierwszej połowie XV wieku. Obecny, utrzymany w późnogotyckim stylu obraz umieszczony w późniejszym ołtarzu z czarnego marmuru namalowany został około 1510 roku. Przedstawia Marię w typie Mater Dolorosa: otoczona aniołami Matka Boża ukazana jest w ekspresyjnej, modlitewnej pozie, a jej zmęczona twarz wyraża uczucie głębokiego bólu i współcierpienia z Chrystusem. Anioły trzymają narzędzia Męki Pańskiej (arma Christi), a wrażenie bólu podkreślone jest przez miecz przeszywający serce Maryi. Nad malowidłem umieszczony jest pochodzący z XVII wieku Veraikon – niewielki obraz przedstawiający twarz Chrystusa odbitą na chuście św. Weroniki.

Od wieków krakowianie czczą wizerunek w kościele oo. Franciszkanów jako „Smętną Dobrodziejkę Krakowa”, a jej kult rozkwitł szczególnie w epoce baroku. W XVII i XVIII wieku przed obliczem Smętnej Dobrodziejki ułaskawiano skazanych na śmierć więźniów uratowanych od wyroku przez działające przy klasztorze Arcybractwo Męki Pańskiej.

Gdy w 1850 roku obraz (po raz kolejny) ocalał z wielkiego pożaru tej części Krakowa, dostrzeżono w tym palec Boży i zaczęto czynić starania o jego koronację. Wsławiony licznymi cudami i łaskami obraz, w 1908 roku otrzymał koronę papieską wzorowaną na andegaweńskiej koronie Jadwigi Królowej Polski, dziś świętej. Przed wizerunkiem Smętnej Dobrodziejki Krakowa modlił się Karol Wojtyła, który miał zwyczaj odprawiania prywatnej Drogi Krzyżowej w kościele oo. Franciszkanów. Przyszły papież Jan Paweł II często spowiadał także w jednym z konfesjonałów w mieszczącej się po prawej stronie świątyni kaplicy Męki Pańskiej.

We franciszkańskim kościele, w kaplicy Błogosławionej Salomei znajdują się szczątki otoczonej kultem błogosławionej – piastowskiej księżniczki i pierwszej polskiej klaryski z XIII wieku, siostry fundatora klasztoru oo. Franciszkanów księcia Bolesława Wstydliwego. Bł. Salomei poświęcony jest jeden z monumentalnych młodopolskich witraży w prezbiterium, projektu Stanisława Wyspiańskiego.

W nawie głównej bazyliki św. Franciszka z Asyżu w Krakowie znajduje się ołtarz św. Maksymiliana (franciszkanin i męczennik Maksymilian Maria Kolbe oddał życie za współwięźnia w KL Auschwitz w 1941 roku), a przy wejściu do klasztoru umieszczono tabliczkę upamiętniającą jego kapłańską posługę w tym miejscu w latach 1919-1922.