Kościół ten ufundowany został jako fara - kościół parafialny - nowego miasta Kazimierza, założonego przez króla Kazimierza Wielkiego w 1335 roku. Wznoszono go etapami, począwszy od ok. 1340 roku, aż do połowy XV w. Usytuowano go na dużej działce, z dala od innych zabudowań, z cmentarzem wokół, co dowodzi, że prawdopodobnie nie miał przeznaczenia zakonnego. Jednak w 1405 roku król Władysław Jagiełło oddał go w opiekę sprowadzonym z Kłodzka na Dolnym Śląsku kanonikom regularnym laterańskim. Ten najstarszy zakon klerycki do dziś sprawuje nad nim pieczę.

Wzniesiony z cegły kościół jest klasyczną bazyliką z trzema nawami, nakrytymi sklepieniem krzyżowo-żebrowym i wydłużonym, wielobocznym prezbiterium. Szczególne wrażenie sprawia strona zachodnia, ze schodkowym szczytem ozdobionym pinaklami i płycinami, w których umieszczono figury Chrystusa Bolesnego, Matki Bożej i św. Jana Ewangelisty. Wieżę podwyższono i nakryto późnorenesansowym hełmem ok. połowy XVII w.

Podczas najazdu szwedzkiego (1655 r.) król Karol Gustaw miał tu swoją kwaterę i stąd kierował oblężeniem Krakowa. Zakonników zgromadzono - i praktycznie uwięziono - w jednej celi i zakrystii. Mocno ucierpiało wnętrze kościoła, ze skarbcem na czele, które zostało rozkradzione przez żołnierzy. Dlatego ta wspaniała gotycka świątynia posiada niemal wyłącznie barokowe wyposażenie. Nie należy jednak wybrzydzać, bowiem ten pełen przepychu wystrój znakomicie zestrojono z najszlachetniejszymi przejawami surowej gotyckiej architektury. Szczególne wrażenie robi ambona o niespotykanym kształcie łodzi (z masztami i żaglami!), podtrzymywanej przez syreny i delfiny. Zwraca też uwagę dekoracja malarska w zapleckach stalli, przedstawiająca sceny z życia kanoników i św. Augustyna - patrona zakonu. Całości dopełnia ołtarz główny, którego dostojeństwo podkreśla spływające nań, przytłumione światło z okien prezbiterium, ozdobionych XV-wiecznymi witrażami.

Wśród licznych nagrobków i epitafiów wypełniających kościół warto zwrócić uwagę na mauzoleum bł. Stanisława Kazimierczyka, kanonika zmarłego w XV w. w opinii świętości oraz płytę włoskiego budowniczego Bartolomeo Berrecciego (w kaplicy św. Anny), któremu zawdzięczamy m.in. kaplicę Zygmuntowską na Wawelu. Spoczął on tu nieprzypadkowo, był bowiem obywatelem i rajcą kazimierskim. Zginął w tajemniczych okolicznościach, zasztyletowany na Rynku Głównym przez zawistnego rodaka.

Malowniczy kryty ganek łączy kościół z wieloskrzydłowym kompleksem klasztornym (XV-XVII w.). Całość zabudowań otacza ceglany mur, wzniesiony w XVII w.