Kościół oo. Bernardynów leży bezpośrednio u stóp Wawelu. Pierwsi zakonnicy bernardyńscy w Krakowie rekrutowali się spośród słuchaczy surowego kaznodziei św. Jana Kapistrana, który podczas swojej wizyty w mieście głosił płomienne kazania przeciwko grzechowi i zbytkom. Pierwszy gotycki kościół kompletnie zniszczono podczas potopu szwedzkiego. Obecny powstał w II połowie XVII w. Wchodząc na zamkowe wzgórze możemy zobaczyć pogrążoną kopułę kościoła. Celowo umieszczono ją nisko, nie wynosząc jej ponad wysokość fasady kościoła. Zadecydowały o tym względy strategiczne - ewentualny ostrzał artyleryjski z Wawelu mógł naruszyć zbytnio wyróżnione elementy konstrukcji. Wewnątrz świątyni warto zwrócić uwagę na barokowy obraz w kaplicy św. Anny, przedstawiający taniec śmierci oraz na ołtarz-mauzoleum św. Szymona z Lipnicy. Był bernardyńskim zakonnikiem żyjącym w XV w., który padł ofiarą zarazy, gdy spieszył z pomocą chorym. Zakonnicy przechowują do dziś jego płaszcz - ma on mieć moc uzdrawiania.