Założony we Włoszech przez Alfonsa Liguoriego Zakon Zgromadzenia Najświętszego Odkupiciela - czyli redemptorystów - pojawił się w na ziemiach Polskich już w roku 1788. Niestety, po niespełna dwudziestu latach jego misja zakończyła się brutalnym wypędzeniem zakonników. Redemptoryści sprowadzeni zostali tu raz jeszcze w ostatnich latach XIX stulecia i osiedli między innymi w podkrakowskim jeszcze Podgórzu. Niebawem, w roku 1902 na pustej parceli przy ówczesnej ulicy Adama Mickiewicza (dziś Jana Zamoyskiego), rozpoczęto budowę klasztoru, a wkrótce potem ruszyły prace przy budowie kościoła. Kościół pod wezwaniem Matki Bożej Nieustającej Pomocy ukończono w roku 1909.

Autorem projektu nowej świątyni był wybitny krakowski architekt Jan Sas-Zubrzycki, który przy pobliskim Rynku Podgórskim niemal równocześnie kończył budowę jeszcze bardziej okazałego kościoła św. Józefa. W przeciwieństwie jednak do tamtej - nieco już przebrzmiałej - neogotyckiej architektury, autor zaprezentował tu dość rzadko stosowane formy neoromańskie, z ich surowością i dostojeństwem. Ta oszczędna w wyrazie architektura stanowiła znakomity punkt wyjścia do zyskującego wówczas popularność modernizmu. Wyraz takim tendencjom daje wejście główne kościoła od strony ul. Redemptorystów, z mocno zredukowanym zdobnictwem.

W ołtarzu głównym umieszczony jest obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. W latach wojny często modlił się przed nim Karol Wojtyła. Już jako papież Jan Paweł II wspominał: Wiele razy po nocnej zmianie, kiedy wracałem do domu, gdzie mieszkałem, odwiedzałem wasz kościół w Krakowie, kościół Redemptorystów, gdzie jest ikona Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Zatrzymywałem się tam, ile razy byłem na drodze pomiędzy fabryką a domem.

Obraz został ukoronowany koronami papieskimi w 1994 roku.