Po kasacie nałożonej w latach 70. XVIII wieku zakon jezuitów ponownie pojawił się w Krakowie w roku 1867. Niebawem jezuici kupili na Wesołej (rejon położony na wschód od Starego Miasta) posiadłość zwaną "angielskie", należącą dawniej do założyciela krakowskiego teatru - Jacka Kluszewskiego. Stojący tam piętrowy pałacyk zaadaptowano na tymczasową siedzibę klasztoru.

Budowę nowego kościoła - przy zabudowaniach klasztornych, w miejscu prowizorycznej kaplicy - rozpoczęto w roku 1909. Niestety, do chwili wybuchu pierwszej wojny światowej udało się ukończyć tylko stan surowy. Prace zostały sfinalizowane już w odrodzonej Polsce (1921 r.).

W zwieńczonej monumentalną wieżą budowli pobrzmiewają echa niemal wszystkich stylów historycznych, z wyraźną jednak dominantą wątków neoromańskich i neogotyckich. Projekt jednego z najwybitniejszych krakowskich architektów pierwszej połowy XX wieku - Franciszka Mączyńskiego - zakładał również stylizację wnętrza, toteż nawa kościoła została nakryta imitującym gotyk krzyżowym sklepieniem na gurtach. Wystrój wnętrza, z ołtarzem głównym projektu Karola Hukana i polichromiami Jana Bukowskiego, utrzymany jest w duchu modernizmu. Przykuwają uwagę modernistyczne detale fasady, m.in. portal główny z rzeźbą Chrystusa, autorstwa Xawerego Dunikowskiego. W roku 1960 papież Jan XXIII podniósł kościół do godności bazyliki mniejszej.