Profesorowie Uniwersytetu Jagiellońskiego (zwanego wtedy jeszcze Akademią Krakowską) założyli w roku 1588 szkołę średnią św. Anny, tzw. classes, uważaną obecnie za najstarszą w Polsce. Dla tej szkoły w latach 1638-1643 budowniczy Jan Laitner wzniósł gmach przy ulicy św. Anny.

Do jego budowy znacznie przyczynił się zapis Bartłomieja Nowodworskiego, szlachcica, którego losy mogły by się stać kanwą filmu przygodowego. Brał udział w wyprawach wojennych króla Stefana Batorego i w jego imieniu posłował na dwór sułtański. Po sprzeczce, w której zabił adwersarza, musiał uchodzić z Polski. Służył francuskim królom - Henrykowi III i Henrykowi IV. Później wstąpił do Zakonu Maltańskiego. Jako jego kawaler walczył w wyprawach przeciwko muzułmanom. Szczególnie wsławił się podczas oblężenia twierdzy Lepanto (1603 r.). Maltańczycy zdobyli ją dzięki temu, że Nowodworski wysadził bramę wjazdową fortecy. Po powrocie do Polski w chwale bohatera służył królowi Zygmuntowi III, który zlecił mu przeprowadzenie reformy wojska. Uchodził za specjalistę od sztuki oblężniczej i materiałów wybuchowych.

Kolegium Nowodworskiego schodkowymi szczytami ozdobionymi sterczynami nawiązuje do późnogotyckiej architektury sąsiedniego Collegium Maius. Główną ozdobą gmachu jest jednak wewnętrzny dziedziniec z wczesnobarokowymi, arkadowymi krużgankami i malowniczymi „pałacowymi" schodami, dobudowanymi w połowie XIX w.

Dziedziniec ten przeszedł do historii za sprawą inscenizacji sztuki Mariana Niżyńskiego Kawaler księżycowy, wystawianej tu przez teatr studencki w ramach Dni Krakowa w czerwcu 1939 roku. Jednym z aktorów był wówczas student I roku polonistyki UJ Karol Wojtyła, późniejszy papież Jan Paweł II.

Po przenosinach szkoły do nowej siedziby przy pl. Na Groblach (1898 r.), udostępniana była tu część zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej. W roku 1949 budynek przekazano nowo utworzonej Akademii Medycznej.

Do wybitnych absolwentów szkoły św. Anny w Kolegium Nowodworskiego należeli król Jan III Sobieski, artyści Jan Matejko, Stanisław Wyspiański i Józef Mehoffer, pisarz Joseph Conrad czy generał Józef Bem.