U zbiegu dzisiejszych ulic Senackiej i Poselskiej stał niegdyś tzw. Malowany Dwór, posiadłość rodu Tenczyńskich. Ci podarowali teren przybyłym do Krakowa z początkiem XVII wieku karmelitom bosym. Zakonnicy postawili tu w latach 1610-1636 klasztor i kościół św.św. Michała i Józefa.

Architekturę klasztoru podyktowała surowa reguła zakonu nastawionego na pokutę kontemplację. Grube mury, pozbawione wygód, niewielkie, indywidualne cele, wąskie korytarze i małe okna pozwoliły władzom austriackim bez większych nakładów finansowych przerobić ten obiekt na więzienie (1797 r.). Zakonnicy przenieśli się wówczas do klasztoru w Czernej. Więzienie św. Michała było jednym z najcięższych w monarchii habsburskiej. Funkcję tę gmach pełnił także po zaborach i po II wojnie światowej, gdy trzymano tu głównie - podobnie jak w czasach austriackich - przeciwników politycznych.

Opuszczony wczesnobarokowy kościół z fasadą w typie Il Gesù niszczał. Ostatecznie z końcem XIX wieku przebudowano go na sąd karny. Dziś patrząc na bryłę budynku można wyróżnić jedynie zarys kościelnej dzwonnicy. Zachowała się jednak część wyposażenia nieistniejącej świątyni, m.in. ołtarze w kościele św. Katarzyny i kościele oo. Franciszkanów, XVII-wieczny obraz św. Józefa w kościele oo. Karmelitów bosych przy ulicy. Rakowickiej oraz barokowy krucyfiks w kościele oo. Kapucynów.

Zachowany budynek klasztoru zaadaptowano w latach 1958-1966 na potrzeby Muzeum Archeologicznego.