Ulicę św. Jana zamyka od północy efektownie rozwiązana fasada kościoła oo. Pijarów. Świątynię wzniesiono w latach 1718-1728 według projektu Kacpra Bażanki. Niestety śmierć tego wybitnego architekta nie pozwoliła na dokończenie prac i wspomnianą fasadę dobudował dopiero w latach 1759-1761 inny wielki budowniczy tamtej epoki, Francesco Placidi. Ponieważ fasada ta ujęta jest perspektywą dwu pierzei stosunkowo długiej ulicy, w celu jej uwznioślenia i wysmuklenia, Placidi zastosował dodatkową, ażurową kondygnację z sygnaturką, wznoszącą się już ponad dachem kościoła.

Do wnętrza świątyni prowadzą malownicze dwubiegowe schody. Wewnątrz szczególne wrażenie robią dekoracje stiukowe sztukatorów z Moraw i iluzjonistyczne malowidła ich rodaka Franza Ecksteina.

Pod kościołem znajduje się krypta, w której w XVIII wieku zlokalizowano kaplicę z ołtarzem Więzienia Chrystusowego, a w Wielki Piątek urządzano tu Grób Pański (do tej tradycji powrócono w czasach współczesnych). Od końca XIX wieku oo. Pijarzy, prowadzący działalność edukacyjną, utrzymywali sąsiadujące z kościołem kolegium właśnie dzięki jej istnieniu. Po otrzymaniu specjalnego pozwolenia od władz (1889 r.), krypta stała się reprezentacyjnym domem przedpogrzebowym, z którego zakonnicy czerpali pokaźne zyski. Pogrzeb wyruszający z tego miejsca uchodził w Krakowie za wielki przywilej. Stąd ruszył m.in. kondukt żegnający Stanisława Wyspiańskiego.