Już samo usytuowanie kościoła - ukosem i poza linią regulacyjną ulicy św. Jana - wskazuje na jego przedlokacyjne pochodzenie (czyli sprzed 1257 r.). Potwierdzają to pozostałości XII-wiecznych romańskich murów, odkryte (1962 r.) w dolnej części nawy i apsydzie krypty. Swą obecną, barokową postać kościół zawdzięcza przebudowie około połowy XVII wieku, kiedy wzniesiono nową fasadę i sklepienia oraz wzmocniono istniejące już zapewne, gotyckie szkarpy.

W pierwszej połowie XVIII wieku przy udziale Kacpra Bażanki zbudowano przylegający częściowo do świątyni klasztor dla zakonu prezentek. Budynek mieścił także jedną z najstarszych żeńskich szkół w Polsce, której najsławniejszą absolwentką była Helena Modrzejewska. Odnowiono też i nieznacznie rozbudowano sam kościół.

Jednonawowe wnętrze kościoła ma barokowy wystrój. Godny uwagi jest ołtarz główny z pochodzącym z XVI wieku cudownym obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Obok ołtarza wiszą niezwykłe wota - dwie pary żelaznych kajdan z łańcuchami. Ofiarował je w XVII wieku skazany na śmierć więzień. Gdy modlił się tu przed egzekucją, wzywając pomocy Matki Boskiej, kajdany z jego rąk same cudownie opadły, a on został uwolniony. Odtąd wizerunek zyskał miano Matki Bożej Świętojańskiej od Wykupu Niewolników.