Budowa kościoła ufundowanego przez Bolesława Wstydliwego trwała dość długo, choć rozpoczęto ją - od wzniesienia prezbiterium - już w latach 60. XIII wieku. Trójnawowa gotycka budowla, wymurowana z cegły z elementami kamiennymi, gotowa była dopiero w początkach XV wieku. Płycinowe, zapóźnione stylistycznie szczyty, pozbawione schodków i sterczyn dodano w następnym stuleciu. Murowaną, niską wieżę-dzwonnicę przy wielobocznie zamkniętym prezbiterium dostawiono wraz z kruchtą w roku 1617.

Kościół, kilkakrotnie niszczony pożarami, podlegał w trakcie prac restauracyjnych różnorodnym przeistoczeniom. W XVII wieku gruntownie przebudowano wnętrze, nadając mu charakter barokowy, z emporami i sklepieniem kolebkowym z lunetami, wzbogaconym popularną wówczas stiukową dekoracją ramową. Tylko w kaplicy Matki Bożej zachowało się gotyckie sklepienie krzyżowo-żebrowe.

Wśród wyposażenia zwracają uwagę wczesnobarokowy ołtarz główny z XV-wiecznym krucyfiksem, rokokowa ambona oraz manierystyczny, marmurowy nagrobek bł. Michała Giedroycia.

Na zewnątrz od strony ulicy Sławkowskiej znajduje się rzeźbiarska grupa z figurami Matki Boskiej Bolesnej i św. Janem Ewangelistą pod krzyżem z XVI wieku (kopia, oryginał wisi we wnętrzu, w nawie północnej).

Aż do roku 1807 gospodarzami kościoła i sąsiedniego klasztoru byli zakonnicy zwani markami, albo rogaczami (od oryginalnego kształtu kapeluszy). Stąd też ulica św. Marka długo nazywana była na tym odcinku „Rogacką". Po wygaśnięciu zakonu przeniesiono tu księży emerytów.