Niewielką działkę przy ul. Grodzkiej 19 zajmowała do roku 1939 wąska dwuosiowa kamieniczka Pod Lipkami. Placyk, który pozostał po jej wyburzeniu był na przestrzeni kolejnych dziesięcioleci tematem tak konkursów architektonicznych, jak i dyskusji, dotyczących ewentualnej zabudowy czy też innego zagospodarowania pustej przestrzeni.

Działania te przybrały realne kształty dopiero w roku 1998, kiedy reżyser Andrzej Wajda zaproponował ideę budowy Pawilonu „Wyspiański 2000” (aktualnie nosi on nazwę Pawilon Wyspiańskiego). Pomysł ten wpisywał się w ramy trwającego wówczas Festiwalu Kraków 2000, którego głównym zadaniem była promocja kulturalna miasta. Koncepcja Wajdy zakładała, aby w ścianę frontową budynku wkomponować trzy witraże Stanisława Wyspiańskiego, przedstawiające św. Stanisława, księcia Henryka Pobożnego oraz króla Kazimierza Wielkiego. Artysta stworzył je z myślą o katedrze wawelskiej, jednak projekty te nigdy nie zostały zrealizowane.

Nie obyło się bez dyskusji nad pomysłem Wajdy, w których podnoszona była m.in. kwestia posępnego, eschatologicznego klimatu zaproponowanych witraży. Święty i książę są bowiem przedstawieni na nich w momencie śmierci, natomiast wizerunek króla – goła czaszka w królewskiej koronie – odpowiada temu, co zobaczył Wyspiański po otwarciu trumny króla, 600 lat po jego śmierci. Wiele kontrowersji wzbudziły też faktura fasady oraz sam projekt budynku autorstwa Krzysztofa Ingardena. Fasada skomponowana przy pomocy ceglanych, ruchomych płytek zamocowanych na metalowych prętach pozwala na zmiany w doświetleniu wnętrza. Pawilon otwarto 2 czerwca 2007 roku, w ramach obchodów 750. rocznicy lokacji miasta. Zarządza nim Krakowskie Biuro Festiwalowe, prowadząc tutaj – obok działalności konferencyjnej i wystawienniczej – punkt Sieci Informacji Miejskiej.