Najokazalszy gmach Uniwersytetu Jagiellońskiego wzniesiono w latach 1883-1887 według projektu Feliksa Księżarskiego. Usytuowano go głównie na miejscu dwóch wyburzonych burs akademickich - Filozofów i Jerozolimskiej. Ta ostatnia, najsławniejsza wśród krakowskich burs, według tradycji była fundacją kardynała Zbigniewa Oleśnickiego, zadośćuczynieniem za niespełniony nigdy ślub pielgrzymki do Jerozolimy (stąd nazwa). Obie spłonęły niemal doszczętnie w roku 1841.

Collegium Novum jest wybitnym przykładem neogotyku, ze świetnie zakomponowaną, monumentalną fasadą z surowej cegły. Nad ostrołukowymi arkadami bram widać pięć wielkich okien wysokiej na dwie kondygnacje auli. W naczółkach okien i ponad nimi zwracają uwagę polichromowane tarcze herbowe dobrodziejów uniwersytetu. Powyżej, w szczytowym zwieńczeniu, góruje herb uczelni - św. Stanisław trzymający tarczę z orłem polskim.

Wnętrza otrzymały równie reprezentacyjny charakter, nawiązujący do architektury Collegium Maius (m. in. ostrołukowe portale, klatka schodowa oraz kryształowe i gwiaździste sklepienia korytarzy). Aula, nakryta belkowym stropem kasetonowym, ozdobiona jest portretami profesorów i rektorów uczelni. Tam też wisi obraz Astronom Kopernik, czyli rozmowa z Bogiem Jana Matejki.

Na drugim piętrze znajduje się sala 56, w której Niemcy 6 listopada 1939 roku aresztowali 183 pracowników naukowych UJ i innych wyższych uczelni Krakowa podczas tzw. Sonderaktion Krakau. Wywieziono ich do obozu w Sachsenhausen, skąd wielu już nie powróciło. Upamiętnia ich tablica wmurowana w sali.

Collegium Novum jest obecnie głównym budynkiem administracyjnym UJ, mieszczącym rektorat, dziekanaty, gabinety profesorskie, biura kwestury i kilka sal wykładowych.