Karol Wojtyła jako student teologii często uczestniczył w mszach świętych odprawianych w kościele oo. Franciszkanów. Jego ulubione miejsce znajdowało się w nawie pod chórem muzycznym – tam siadywał najczęściej, co obecnie upamiętnia mała tabliczka na ławce.

W Bazylice św. Franciszka z Asyżu złożono relikwie błogosławionej Anieli Salawy, o której Papież mówił: Beatyfikowałem ją w dniu 13 sierpnia 1991 r. w Krakowie. Swoim życiem udowodniła, że praca gospodyni domowej, wypełniana z wiarą i w duchu ofiarnej służby, może doprowadzić do świętości. Bywałem często przy jej grobie (cyt. za Jan Paweł II, Wstańcie, chodźmy!, Wydawnictwo św. Stanisława BM, Kraków 2004).

Podczas pierwszej pielgrzymki do Polski w 1979 roku w tym kościele Jan Paweł II spotkał się z ludźmi chorymi.

Zobacz także: opis kościoła oo. Franciszkanów