Szpital istnieje od 1917 roku, wtedy nosił nazwę Miejskie Zakłady Sanitarne. Była w nim leczona m.in. Faustyna Kowalska (w latach 1936-1938), którą w 2000 roku kanonizował Jan Paweł II. W 1990 roku nadano placówce imię Jana Pawła II. Papież osobiście dokonał poświęcenia nowowybudowanej Polikliniki Kardiochirurgii w 1997 roku. Powiedział wtedy m.in.: Szpital ten obchodzi w tym roku 80-lecie swego istnienia i ofiarnej służby ludziom chorym. Jakże nie wspomnieć tutaj tych wszystkich, którzy narażając własne zdrowie spieszyli z samarytańską pomocą cierpiącemu człowiekowi.