Tradycja każe wiązać to miejsce z pogańską świątynią z X wieku. Pomimo drobiazgowych badań prowadzonych na przestrzeni ostatniego stulecia, nie zostało to jednak ostatecznie wyjaśnione. Nie ulega za to wątpliwości, że jest to jeden z najstarszych krakowskich kościołów. Wzniesiono go prawdopodobnie na przełomie XI i XII wieku (wzmiankowany po raz pierwszy w roku 1148) w stylu romańskim. Wiadomo, że powstała wówczas bazylika z kamiennych ciosów, z prosto zamkniętym prezbiterium, z aneksami po bokach.

Kościół poważnie ucierpiał podczas oblężenia Krakowa przez pretendenta do tronu polskiego, Maksymiliana Habsburga (1587 r.). Odbudowano go, częściowo przy tym barokizując, w latach 1604-1622. Powstała wówczas m.in. wieża oraz kazalnica rzadko spotykana w takiej formie - posadowiona na zewnętrznej ścianie prezbiterium (1605 r.). Legenda związała ją (niestety bezpodstawnie) z osobą św. Wojciecha (który żył w X wieku).

Dzisiejszy kościół ma charakter barokowy. Zadecydowała o tym gruntowna przebudowa (1662-1673 r.) po zniszczeniu starego kościoła przez Szwedów. Jednonawowe wnętrze świątyni nakryte jest sklepieniem krzyżowym. W ścianach prezbiterium zrekonstruowano dwudzielne, arkadowe okienka - tzw. biforia - charakterystyczne dla stylu romańskiego. Godne uwagi są wczesnorenesansowe freski, późnorenesansowa ambona oraz zdobiący boczny ołtarz obraz ukrzyżowanego Chrystusa z grajkiem u stóp, związany z legendą o cudownym krucyfiksie. Obraz, namalowany w 1605 roku przez krakowskiego malarza Kaspra Kurcza, prawdopodobnie zastąpił rzeźbę, którą według tradycji podarowano księciu Mieszkowi I w X wieku.

Obok świątyni znajduje się dawny cmentarz parafialny, a w jego narożniku stoi przycupnięty, tajemniczy drewniany dom z pierwszej połowy XIX wieku - tzw. chatka grabarza.