Kościół  pod wezwaniem św. Augustyna i św. Jana Chrzciciela oraz klasztor wzniesiony został dla ss. Norbertanek z fundacji rycerza Jaksy Gryfity z Miechowa i konsekrowany prawdopodobnie przez biskupa Gedkę w roku 1181. Kościół nie posiada w zasadzie fasady frontowej i jest wtopiony w zabudowania klasztorne o charakterze obronnym (zachowane mury ze strzelnicami i fragmenty baszt). Całkowicie zniszczony po najeździe tatarskim (1241 r.), odbudowany został w latach 50. XIII wieku. Z tamtego okresu ocalał późnoromański portal w wejściu pod wieżą (jeden z nielicznych tego typu zabytków w Krakowie), resztki murów w piwnicach i fragment ceglanego, arkadkowego fryzu na elewacji północnej.

Obecną barokową postać kościół zawdzięcza ksieni Dorocie Kątskiej, której staraniem został przebudowany na przełomie XVI i XVII stulecia. Pracami kierowali znani budowniczowie włoscy, z architektem królewskim Janem Trevano na czele. Niestety już w roku 1657 wojska szwedzkie pod dowództwem generała Würtza spaliły kościół i klasztor wraz z zabudowaniami gospodarczymi. Ponieważ klasztor dzielnie się bronił, mściwy generał sprowadził dwustu górników z Wieliczki i nakazał im rozbiórkę spalonych murów. Na szczęście górnicy wykonywali swą pracę na tyle opieszale, że zabudowania ocalały do chwili wycofania szwedzkich wojsk, a dzieło odbudowy zakończono w roku 1665.

Jednonawowe wnętrze kościoła, nakryte sklepieniem kolebkowo-krzyżowym, zyskało jednorodny, klasycystyczny już wystrój z dekoracją stiukową w latach 1777-1779. Prosto zamknięte, lekko zwężone prezbiterium kryje fresk Władysława Łuszczkiewicza, przedstawiający Jana Chrzciciela (1876 r.). Przykuwa uwagę niespotykany raczej element wystroju - neoklasyczna kolumnada projektu Sebastiana Sierakowskiego (1777 r.).

To stąd, rok w rok od niepamiętnych czasów, w oktawę święta Bożego Ciała wyrusza na swe harce Lajkonik - jeden z włóczków (flisaków wiślanych), przebrany w zdobyczny strój tatarskiego chana - aby obwieścić krakowianom zwycięstwo nad Tatarami. Całe to widowisko, wraz z bogata oprawą i nie milknącą, piskliwą muzyką kapeli mlaskotów, jest jedną z większych osobliwości Krakowa. Kiedyś Archiwum Akt Dawnych, a dziś Muzeum Historyczne Miasta Krakowa, dba o zachowanie tego niecodziennego, efektownego widowiska. Dodać warto, że czaprak i strój Lajkonika pochodzą z roku 1904, a ich projektantem był sam Stanisław Wyspiański.