Krucyfiks mogilski w Sanktuarium Krzyża Świętego od stuleci przyciąga rzesze pielgrzymów. Nie da się jednak ustalić początków jego publicznego kultu. Według tradycji w XII wieku wyłowiono go z Wisły i zaniesiono w darze dla zakonników. Możliwe jednak, że drewniana figura Ukrzyżowanego Chrystusa była darem króla Kazimierza Wielkiego na zakończenie prac renowacyjnych w klasztorze prowadzonych za opata Jana (1333-1356) lub też specjalnym wotum ekspiacyjnym. W opactwie oo. Cystersów można usłyszeć opowieść o tym, jak Kazimierz Wielki przyjechał spojrzeć na odnowioną świątynię, a opat poprowadził monarchę przed wizerunek Ukrzyżowanego. „Przyglądając się z zainteresowaniem Jezusowi, zapytał, czy dzieją się tu jakieś cuda. Opat odrzekł, że owszem dzieją się, ale największym cudem będzie to, że Królewska Mość nawróci się, i jak Szaweł z nieprzyjaciela Chrystusa stanie się jego wiernym uczniem. Król miał już nic nie mówić. Zamilkł i odjechał”. Niewiele później król pojednał się z biskupem Bodzantą, który z powodu niemoralnego prowadzenia się władcy rzucił na niego klątwę.

Mogilski Krucyfiks jest osobliwy i cieszy się niesłabnącą czcią wiernych, choć jego pierwotna forma uległa zmianie. Jako jedyny element wyposażenia ocalał z pożaru kościoła w XV wieku, spłonęły tylko przepaska na biodra (perizonium) i włosy Chrystusa. Rzeźbione perizonium zastąpiła wówczas nakładana opaska z haftowanego aksamitu przykrywająca figurę od przodu prawie do kolan, a Chrystusowi zaczęto nakładać perukę z prawdziwych włosów. Po odbudowie kościoła w XVI wieku mogilski krucyfiks przeniesiono do bocznej kaplicy, która do dziś nosi miano Kaplicy Świętego Krzyża.

Liczne łaski i uzdrowienia sprawiły, że gdy w dzieciństwie Adam Chmielowski (późniejszy św. Brat Albert) poważnie zachorował, jego matka odbyła tu pielgrzymkę w intencji wyzdrowienia syna. Mały Adam – przyodziany do tej ceremonii w habit zakonny – został ofiarowany cudownemu wizerunkowi Jezusa Ukrzyżowanego.

W mogilskim sanktuarium znajdują się też relikwie Krzyża Świętego. Pierwsze wzmianki o nich pochodzą z pierwszej połowy XX wieku. Jako że ich autentyczność nie była potwierdzona, o. Bogumił Salwiński podjął starania u Stolicy Apostolskiej o nową relikwię. W 1961 roku do opactwa oo. Cystersów przywieziono sporą cząstkę relikwii Krzyża Świętego z bazyliki Santa Croce w Rzymie.