„Przy relikwiach św. Jana z Kęt od pokoleń skupia się życie uniwersyteckie, a wiedza i mądrość szuka przymierza ze świętością” – mówił w 1982 roku Karol Wojtyła, przyszły św. Jan Paweł II.
Najważniejszym miejscem w ulokowanej w pobliżu Uniwersytetu Jagiellońskiego akademickiej kolegiacie św. Anny jest konfesja św. Jana Kantego – profesora Akademii Krakowskiej, wybitnego teologa, patrona uczonych i czynów miłosierdzia. W Krakowie nazywano go Magister Bonus (Dobry Mistrz), a jego życie owiane jest wieloma legendami. Urodzony w 1390 roku Jan Kanty studiował w Akademii Krakowskiej filozofię, a później teologię. W 1419 roku przyjął święcenia kapłańskie. Przez wiele lat wykładał na krakowskiej uczelni, wykazując się wielką pracowitością (mnóstwo czasu poświęcał na kopiowanie traktatów teologicznych, które opatrywał własnymi komentarzami), a także serdeczną troską o studentów. Według średniowiecznej legendy po śmierci Mistrza na ulicach Krakowa pojawiała się jego ręka ze świecą, by prowadzić żaków, który zgubili drogę mądrości. Św. Jan słynął z miłosierdzia – karmił ubogich i rozdawał im własne odzienie. Kiedyś zimą oddał buty zziębniętemu biedakowi, innego zaś okrył płaszczem – zwróciła mu go wkrótce sama Matka Boża! Kiedy indziej, ulitowawszy się nad obawiającą się gniewu pani służącą, w cudowny sposób skleił rozbity przez nią dzbanek, a zaczerpniętą z Rudawy wodę przemienił w mleko. Gdy pewnego razu do profesorskiej jadalni w Collegium Maius zapukał żebrak, uczony oznajmił, że to „Chrystus przyszedł” i zaprosił go do stołu. Nawet zbójcom dobrowolnie oddał ostatnie ukryte w odzieniu monety.
Kult Jana z Kęt zaczął się w chwili jego śmierci w 1473 roku. Wierni przez wieki pielgrzymowali do słynącego łaskami grobu w kościele św. Anny. Modlił się tutaj m.in. król Jan III Sobieski przed wyprawą wiedeńską w 1683 roku, a po pokonaniu armii imperium osmańskiego ofiarował zachowane do dziś buńczuki tureckie. Kanonizacji krakowskiego profesora dokonał papież Klemens XIII w 1767 roku.
Kryjący szczątki patrona uczonych barokowy ołtarz jest dziełem Baltazara Fontany. Trumnę ze szczątkami świętego dźwigają cztery wykute w kamieniu męskie postaci symbolizujące cztery wydziały Akademii Krakowskiej: teologiczny, filozoficzny, prawny i medyczny. Monumentalne, skręcone spiralnie kolumny ołtarza zwieńczone są posągami świętych Janów: Chrzciciela, Ewangelisty, Chryzostoma i Damasceńskiego. Dekoracja malarska na ścianach i sklepieniu ukazuje sceny z życia krakowskiego świętego.