«Desde hace generaciones, la vida universitaria se centra alrededor de las reliquias de San Juan Cancio, mientras que el conocimiento y la sabiduría buscan alianza con la santidad», dijo en 1982 Juan Pablo II, el futuro santo.
El lugar más importante de la colegiata universitaria de Santa Ana, ubicada en los alrededores de la Universidad Jaguelónica, es el altar de la confesión de san Juan Cancio, catedrático de la Academia de Cracovia, eminente teólogo, patrón de los estudiosos y las obras de misericordia. Llamado en Cracovia Magister Bonus (Buen Maestro), su vida está envuelta en numerosas leyendas. Juan Cancio nació en 1390 y cursó estudios de Filosofía, y más tarde de Teología, en la Academia de Cracovia. En 1419 fue ordenado sacerdote. A lo largo de muchos años, impartió clases en dicha escuela de educación superior cracoviana, destacando por su laboriosidad (dedicaba mucho tiempo a copiar tratados de teología y los proveía de sus propios comentarios) y por su atención y cariño a los estudiantes. Según cuenta la leyenda, tras la muerte del Maestro, en la calles de Cracovia apareció su mano con una vela para guiar a aquellos alumnos que habían perdido el camino hacia la sabiduría. San Juan era famoso por su misericordia: alimentaba a los pobres y repartía entre ellos su propia ropa. Una vez, en invierno, dio sus zapatos a un hombre pobre que estaba helado y cubrió a otro con su propio abrigo, devuelto, en breve, por ¡la mismísima Virgen! En otra ocasión, al sentir piedad por una sirvienta que temía la ira de su ama, reintegró de forma milagrosa la jarra rota por ella, convirtiendo en leche el agua extraída del río Rudawa. Asimismo, un día, cuando un mendigo llamó a la puerta del comedor para profesores del Collegium Maius, el estudioso, afirmando que «se trataba de Jesucristo», le invitó a comer en la mesa. Incluso entregó voluntariamente a unos bandoleros las últimas monedas guardadas en su ropa.
El culto a Juan Cancio comenzó en 1473, en el momento de su muerte. Durante siglos, los fieles peregrinaban a su tumba, situada en la iglesia de Santa Ana y famosa por las gracias concedidas. Rezó ante la misma, entre otros, el rey Juan III Sobieski antes de emprender, en 1683, la expedición de la batalla de Viena y, una vez vencido el ejército del imperio otomano, entregó ahí una ofrenda compuesta de tuğ turcos, conservados hasta hoy día. En 1767, este profesor cracoviano fue canonizado por el papa Clemente XIII.
El altar barroco con los restos mortales del patrón de los estudiosos es obra de Baldassarre Fontana. Cuatro figuras masculinas, esculpidas en piedra, sostienen el ataúd con los restos del Santo, simbolizando cuatro facultades de la Academia de Cracovia: la Teología, Filosofía, Derecho y Medicina. Las ostentosas columnas en forma de espiral, integradas en el altar, están rematadas con las estatuas de los santos Juanes: Bautista, Evangelista, Crisóstomo y Damasceno. Las pinturas que decoran las paredes y la bóveda representan escenas de la vida del Santo cracoviano.